ANTARA HRH dan AGAROSE

Memasuki tahun kedua Penelitian Hibah Bersaing, tim peneliti menghadapi permasalahan yang kompleks sehubungan dengan treatment apa sajakah yang bisa membuat agarose lokal bisa bersaing dengan agarose import. Memang banyak variabel yang harus dikendalikan selain dari kualitas agar itu sendiri. pH, suhu, berat molekul,wow….. sepertinya harus banyak baca, semoga hari ini dah kelar semua pekerjaan ini. Perasaan pagi hari sampai siangnya sedang berkutat dengan makhluk hidup alias menyelesaikan paper yang berhubungan dengan HRH, eh sorenya langsung 180 derajat ke benda mati alias rumput laut. Tapi ada sedikit hubungan sich antara HRH dengan agarose, memanipulasi Agarose di laboratorium memerlukan HRH yang kompeten dan motivasi tinggi (dihubung2kan,hehe……)
Bagi yang ingin tahu apa itu Agarose, infonya ada disini:
Istilah agarose harus dibedakan dengan agar. Agar merupakan bentuk olahan dari rumput laut terutama jenis Gracilaria sp. dan Euchema sp., sedangkan agarose merupakan bentuk olahan dari agar yang dapat dipakai sebagai gel elektroforesis DNA. Proses elektroforesis memerlukan beberapa syarat khusus dari agarose yang digunakan yang kemungkinan tidak didapatkan pada agar biasa contohnya konsentrasi, zat tambahan, kadar sulfat dan ukuran partikel.
Ada dua tipe dasar dari bahan-bahan yang banyak digunakan untuk membuat gel dalam pemeriksaan laboratorium yaitu agarose dan polyacrylamide. Agarose adalah koloid alami yang diekstrak dari rumput laut. Agarose mudah pecah dan rusak oleh tangan. Gel agarose memiliki pori berukuran besar dan kegunaan utamanya untuk memisahkan molekul yang sangat besar dengan berat molekul lebih dari 200 kilodalton. Gel agarose dapat diproses lebih cepat daripada gel polyacrylamide, tetapi resolusinya tidak setajam gel polyacrylamide. Oleh sebab itu band yang dihasilkan gel agarose berkabut dan menyebar agak jauh. Hal ini merupakan akibat dari ukuran pori dan tidak dapat dikendalikan. Agarose biasanya digunakan pada konsentrasi antara 1% dan 3%. Gel agarose dibentuk dengan merendam agarose kering pada larutan buffer lalu mendidihkan hingga terbentuk cairan jernih. Cairan itu akan menguap dan dingin pada suhu ruangan sehingga menjadi kaku (Robb A, 2005).
Polyacrilamide merupakan polimer yang dapat digunakan sebagai matriks untuk memisahkan berbagai jenis molekul yang berbeda, termasuk protein dan asam nukleat. Polyacrilamide ketika dalam keadaan tidak terpolimerisasi bersifat neurotoksin, sehingga harus berhati-hati dengan semua larutan polyacrilamide. Meskipun gel polyacrilamide memiliki resolusi yang lebih baik daripada agarose tetapi penggunaan polyacrilamide masih terbatas disebabkan oleh teknik preparasi yang agak rumit dibanding agarose (Lewis M, 2006).
Agarose digunakan sebagai medium untuk menjalankan DNA pada gel elektroforesis. Beberapa persyaratan harus dipenuhi agar bisa dipakai sebagai gel elektroforesis, antara lain: konsentrasi, kandungan sulfur, moisture, pH, dan ukuran partikel. Selain dimanfaatkan dalam proses gel elektroforesis, agarose ini juga bisa digunakan untuk memfraksikan asam ribonukleat (RNA) dan memurnikan fibronektin. Agarose merupakan senyawa polisakarida (PS) yang dinamakan agar. Agar ini diperoleh dari algae, contohnya rumput laut. Jenis agar berkisar mulai dari agar netral sampai yang kaya karaginan. Fungsi biologis pada rumput laut dan algae bersifat antidesikasi pada konsentrasi rendah, di samping itu juga menimbulkan suatu mekanisme sehingga sel tidak mengkerut. Agar digunakan secara luas dalam industri makanan sebagai bahan stabilizer, misalnya pada es krim, krim instant, dan makanan pencuci mulut. Agar juga dipakai secara luas dalam mikrobiologi untuk kultur bakteri (Ouali J et al., 1996).